Stereo mikroskop veya diseksiyon mikroskobu, sabit veya ayarlanabilir büyütme (zoom) objektifli optik bir mikroskoptur ve 2,5 ila 90 kat (maksimum 300 kat) arasında nispeten düşük büyütmelerde numunelerin gözlemlenmesi için tasarlanmıştır. Bu mikroskoplar, her göz için bir görüntü olmak üzere 2 görüntü sağlayan iki ayrı optik sistemden oluşur. Daha sonra , insan beyni iki görüntüyü, odak derinliği artırılmış tek bir 3 boyutlu görüntüde birleştirir.

Stereo mikroskop genellikle eğitimde böcekler, çiçekler, mineraller, madeni paralar vb. gibi her türlü küçük nesneyi incelemek için kullanılır.